JOURNAL OF LIGHT INDUSTRY

CN 41-1437/TS  ISSN 2096-1553

基于众包的天然产物数据库及知识发现系统

郑乃仁 邓玉林 Venkat MATHURA Fiona CRAWFORD

郑乃仁, 邓玉林, Venkat MATHURA, 等. 基于众包的天然产物数据库及知识发现系统[J]. 轻工学报, 2016, 31(4): 102-108. doi: 10.3969/j.issn.2096-1553.2016.4.015
引用本文: 郑乃仁, 邓玉林, Venkat MATHURA, 等. 基于众包的天然产物数据库及知识发现系统[J]. 轻工学报, 2016, 31(4): 102-108. doi: 10.3969/j.issn.2096-1553.2016.4.015
ZHENG Nai-ren, DENG Yu-lin, MATHURA Venkat and et al. Crowdsourcing-based natural products database and knowledge discovery system[J]. Journal of Light Industry, 2016, 31(4): 102-108. doi: 10.3969/j.issn.2096-1553.2016.4.015
Citation: ZHENG Nai-ren, DENG Yu-lin, MATHURA Venkat and et al. Crowdsourcing-based natural products database and knowledge discovery system[J]. Journal of Light Industry, 2016, 31(4): 102-108. doi: 10.3969/j.issn.2096-1553.2016.4.015

基于众包的天然产物数据库及知识发现系统

  • 基金项目: 国家重大科学仪器设备开发专项课题(2012YQ04014005)

  • 中图分类号: R857.3

Crowdsourcing-based natural products database and knowledge discovery system

  • Received Date: 2016-05-03
    Available Online: 2016-07-15

    CLC number: R857.3

  • 摘要: 针对目前天然产物数据库数据更新不及时、数据量不够大等问题,开发了基于众包的天然产物数据库及知识发现系统.该系统利用众包技术构建一个天然产物数据库,使用分子指纹对分子结构进行编码,并采用Tanimoto系数计算相似度实现天然产物和相关文献的检索,可以实时扩充,并为生物学家了解当前研究热点,确定进一步研究方向提供参考.
    1. [1]

      NEWMAN D J,CRAGG G M.Natural Products as sources of new drugs from 1981 to 2014[J].Journal of Natural Products,2016,79(3):629.

    2. [2]

      雷静,周家驹.海洋天然产物数据库的设计与建立[J].化学通报,2002,65(5):353.

    3. [3]

      NTIE-KANG F,MBAH J A,MBAZE L M,et al.CamMedNP:Building the Cameroonian 3D structural natural products database for virtual screening[J].BMC Complementary and Alternative Medicine,2013,13(1):88.

    4. [4]

      VALLI M,DOS SANTOS R N,FIGUEIRA L D,et al.Development of a natural products database from the biodiversity of Brazil[J].Journal of Natural Products,2013,76(3):439.

    5. [5]

      HOWE J.The rise of crowdsourcing[J].Wired Magazine,2006,14(6):1.

    6. [6]

      WEININGER D.SMILES,a chemical language and information system[J].Journal of Chemical Information and Modeling,1988,28(1):31.

    7. [7]

      WILLETT P.Searching techniques for databases of two-and three-dimensional chemical structures[J].Journal of Medicinal Chemistry,2005,48(13):4183.

    8. [8]

      HOLLIDAY J D,RANADE S S,WILLETT P.A fast algorithm for selecting sets of dissimilar molecules from large chemical databases[J].Quantitative Structure-Activity Relationships,1995,14(6):501.

    9. [9]

      Wikipedia.Solution stack[EB/OL].(2016-06-08)[2016-01-02] https://en.wikipedia.org/wiki/Solution_stack.

    10. [10]

      LEE J,WARE B.Open source development with LAMP:using Linux,Apache,MySQL and PHP[M].New Jersey:Addison-Wesley Professional,2002.

    11. [11]

      OLBOYLE N M,BANCK M,JAMES C A,et al.Open Babel:an open chemical toolbox[J].J Cheminf,2011,3:33.

    12. [12]

      COTTOM T L.Using SWIG to bind C++to Python[J].Computing in Science and Engineering,2003,5(2):88.

    13. [13]

      O'BOYLE N M,MORLEY C,HUTCHISON G R.Pybel:a Python wrapper for the OpenBabel cheminformatics toolkit[J].Chem Cent J,2008,2(1):5.

    14. [14]

      LIPKUS A H.A proof of the triangle inequality for the Tanimoto distance[J].Journal of Mathematical Chemistry,1999,26(1):263.

    15. [15]

      李洪莲.丹参素对帕金森小鼠运动障碍的影响及机制研究[D].烟台:烟台大学,2014.

    1. [1]

      罗亮师东方朱鲜艳宗东岳王明辉王鹏飞金强李朝建 . 基于增量式PID算法的香精施加系统设计. 轻工学报, 2024, 0(0): -.

  • 加载中
计量
  • PDF下载量:  98
  • 文章访问数:  8138
  • 引证文献数: 0
文章相关
  • 收稿日期:  2016-05-03
  • 刊出日期:  2016-07-15
通讯作者: 陈斌, bchen63@163.com
  • 1. 

    沈阳化工大学材料科学与工程学院 沈阳 110142

  1. 本站搜索
  2. 百度学术搜索
  3. 万方数据库搜索
  4. CNKI搜索
郑乃仁, 邓玉林, Venkat MATHURA, 等. 基于众包的天然产物数据库及知识发现系统[J]. 轻工学报, 2016, 31(4): 102-108. doi: 10.3969/j.issn.2096-1553.2016.4.015
引用本文: 郑乃仁, 邓玉林, Venkat MATHURA, 等. 基于众包的天然产物数据库及知识发现系统[J]. 轻工学报, 2016, 31(4): 102-108. doi: 10.3969/j.issn.2096-1553.2016.4.015
ZHENG Nai-ren, DENG Yu-lin, MATHURA Venkat and et al. Crowdsourcing-based natural products database and knowledge discovery system[J]. Journal of Light Industry, 2016, 31(4): 102-108. doi: 10.3969/j.issn.2096-1553.2016.4.015
Citation: ZHENG Nai-ren, DENG Yu-lin, MATHURA Venkat and et al. Crowdsourcing-based natural products database and knowledge discovery system[J]. Journal of Light Industry, 2016, 31(4): 102-108. doi: 10.3969/j.issn.2096-1553.2016.4.015

基于众包的天然产物数据库及知识发现系统

  • 北京理工大学 生命学院, 北京 100081;
  • Roskamp研究所, 佛罗里达 34243
基金项目:  国家重大科学仪器设备开发专项课题(2012YQ04014005)

摘要: 针对目前天然产物数据库数据更新不及时、数据量不够大等问题,开发了基于众包的天然产物数据库及知识发现系统.该系统利用众包技术构建一个天然产物数据库,使用分子指纹对分子结构进行编码,并采用Tanimoto系数计算相似度实现天然产物和相关文献的检索,可以实时扩充,并为生物学家了解当前研究热点,确定进一步研究方向提供参考.

English Abstract

参考文献 (15) 相关文章 (1)

目录

/

返回文章