JOURNAL OF LIGHT INDUSTRY

CN 41-1437/TS  ISSN 2096-1553

基于众包的天然产物数据库及知识发现系统

郑乃仁 ,  邓玉林 ,  Venkat MATHURA ,  Fiona CRAWFORD

downloadPDF
郑乃仁, 邓玉林, Venkat MATHURA, 等. 基于众包的天然产物数据库及知识发现系统[J]. 轻工学报, 2016, 31(4): 102-108. doi: 10.3969/j.issn.2096-1553.2016.4.015
引用本文: 郑乃仁, 邓玉林, Venkat MATHURA, 等. 基于众包的天然产物数据库及知识发现系统[J]. 轻工学报, 2016, 31(4): 102-108. doi: 10.3969/j.issn.2096-1553.2016.4.015
shu
ZHENG Nai-ren, DENG Yu-lin, MATHURA Venkat and et al. Crowdsourcing-based natural products database and knowledge discovery system[J]. Journal of Light Industry, 2016, 31(4): 102-108. doi: 10.3969/j.issn.2096-1553.2016.4.015
Citation: ZHENG Nai-ren, DENG Yu-lin, MATHURA Venkat and et al. Crowdsourcing-based natural products database and knowledge discovery system[J]. Journal of Light Industry, 2016, 31(4): 102-108. doi: 10.3969/j.issn.2096-1553.2016.4.015
shu

基于众包的天然产物数据库及知识发现系统

  • 北京理工大学 生命学院, 北京 100081;

  • Roskamp研究所, 佛罗里达 34243

  • 基金项目: 国家重大科学仪器设备开发专项课题（2012YQ04014005）

  • 中图分类号: R857.3

Crowdsourcing-based natural products database and knowledge discovery system

  • School of Life Science, Beijing Institute of Technology, Beijing 100081, China;

  • Roskamp Institute, FL 34243, United States

  • Received Date: 2016-05-03
    Available Online: 2016-07-15

    CLC number: R857.3

  • 摘要: 针对目前天然产物数据库数据更新不及时、数据量不够大等问题，开发了基于众包的天然产物数据库及知识发现系统.该系统利用众包技术构建一个天然产物数据库，使用分子指纹对分子结构进行编码，并采用Tanimoto系数计算相似度实现天然产物和相关文献的检索，可以实时扩充，并为生物学家了解当前研究热点，确定进一步研究方向提供参考.
    Abstract: In view that the present natural products database data update was not in time, the data quantity was not big enough, the natural products database and knowledge discovery system was developed based on crowdsourcing.The system used the crowdsourcing technology to build a natural products database, used molecular fingerprint to encode molecular structure, and used the Tanimoto coefficient to calculate similarity to realize natural products and related literature retrieval,and could expand real-time for biologists to understand the current research hotspot and to offer reference to determine further research directions.
    1. [1]

      NEWMAN D J,CRAGG G M.Natural Products as sources of new drugs from 1981 to 2014[J].Journal of Natural Products,2016,79(3):629.

    2. [2]

      雷静,周家驹.海洋天然产物数据库的设计与建立[J].化学通报,2002,65(5):353.

    3. [3]

      NTIE-KANG F,MBAH J A,MBAZE L M,et al.CamMedNP:Building the Cameroonian 3D structural natural products database for virtual screening[J].BMC Complementary and Alternative Medicine,2013,13(1):88.

    4. [4]

      VALLI M,DOS SANTOS R N,FIGUEIRA L D,et al.Development of a natural products database from the biodiversity of Brazil[J].Journal of Natural Products,2013,76(3):439.

    5. [5]

      HOWE J.The rise of crowdsourcing[J].Wired Magazine,2006,14(6):1.

    6. [6]

      WEININGER D.SMILES,a chemical language and information system[J].Journal of Chemical Information and Modeling,1988,28(1):31.

    7. [7]

      WILLETT P.Searching techniques for databases of two-and three-dimensional chemical structures[J].Journal of Medicinal Chemistry,2005,48(13):4183.

    8. [8]

      HOLLIDAY J D,RANADE S S,WILLETT P.A fast algorithm for selecting sets of dissimilar molecules from large chemical databases[J].Quantitative Structure-Activity Relationships,1995,14(6):501.

    9. [9]

      Wikipedia.Solution stack[EB/OL].(2016-06-08)[2016-01-02] https://en.wikipedia.org/wiki/Solution_stack.

    10. [10]

      LEE J,WARE B.Open source development with LAMP:using Linux,Apache,MySQL and PHP[M].New Jersey:Addison-Wesley Professional,2002.

    11. [11]

      OLBOYLE N M,BANCK M,JAMES C A,et al.Open Babel:an open chemical toolbox[J].J Cheminf,2011,3:33.

    12. [12]

      COTTOM T L.Using SWIG to bind C++to Python[J].Computing in Science and Engineering,2003,5(2):88.

    13. [13]

      O'BOYLE N M,MORLEY C,HUTCHISON G R.Pybel:a Python wrapper for the OpenBabel cheminformatics toolkit[J].Chem Cent J,2008,2(1):5.

    14. [14]

      LIPKUS A H.A proof of the triangle inequality for the Tanimoto distance[J].Journal of Mathematical Chemistry,1999,26(1):263.

    15. [15]

      李洪莲.丹参素对帕金森小鼠运动障碍的影响及机制研究[D].烟台:烟台大学,2014.

    1. [1]

      卢晓波 , 徐海 , 朱俊召 , 张宇 , 谭健 , 高冠男 , 胡军华 , 林龙 . 基于机器视觉的加热卷烟烟支端部质量检测系统设计. 轻工学报, 2024, 0(0): -.

    2. [2]

      李艳坤 , 张伟 , 刘彦伶 . 数据融合策略在食用油真实性鉴别中的研究与应用进展. 轻工学报, 2024, 39(5): 50-59. doi: 10.12187/2024.05.006

    3. [3]

      章存勇 , 庄海锋 , 时雅琪 , 邹鹏 , 丁乃红 , 纵坤 , 贾良元 , 郭东锋 . 国内外雪茄烟叶热解产物差异性研究. 轻工学报, 2024, 0(0): -.

    4. [4]

      章存勇 , 庄海锋 , 时雅琪 , 邹鹏 , 丁乃红 , 纵坤 , 贾良元 , 郭东锋 . 国内外雪茄烟叶热解产物差异性研究. 轻工学报, 2024, 39(5): 118-126. doi: 10.12187/2024.05.014

  • 加载中
WeChat 点击查看大图
计量
  • PDF下载量:  98
  • 文章访问数:  9186
  • 引证文献数: 0
文章相关
  • 收稿日期:  2016-05-03
  • 刊出日期:  2016-07-15
通讯作者: 陈斌, bchen63@163.com
  • 1. 

    沈阳化工大学材料科学与工程学院 沈阳 110142

  1. 本站搜索
  2. 百度学术搜索
  3. 万方数据库搜索
  4. CNKI搜索
郑乃仁, 邓玉林, Venkat MATHURA, 等. 基于众包的天然产物数据库及知识发现系统[J]. 轻工学报, 2016, 31(4): 102-108. doi: 10.3969/j.issn.2096-1553.2016.4.015
引用本文: 郑乃仁, 邓玉林, Venkat MATHURA, 等. 基于众包的天然产物数据库及知识发现系统[J]. 轻工学报, 2016, 31(4): 102-108. doi: 10.3969/j.issn.2096-1553.2016.4.015
shu
ZHENG Nai-ren, DENG Yu-lin, MATHURA Venkat and et al. Crowdsourcing-based natural products database and knowledge discovery system[J]. Journal of Light Industry, 2016, 31(4): 102-108. doi: 10.3969/j.issn.2096-1553.2016.4.015
Citation: ZHENG Nai-ren, DENG Yu-lin, MATHURA Venkat and et al. Crowdsourcing-based natural products database and knowledge discovery system[J]. Journal of Light Industry, 2016, 31(4): 102-108. doi: 10.3969/j.issn.2096-1553.2016.4.015
shu

基于众包的天然产物数据库及知识发现系统

  • 北京理工大学 生命学院, 北京 100081;
  • Roskamp研究所, 佛罗里达 34243
  • 收稿日期: 2016-05-03
  • 网络出版日期: 2016-07-15
基金项目:  国家重大科学仪器设备开发专项课题（2012YQ04014005）

摘要: 针对目前天然产物数据库数据更新不及时、数据量不够大等问题，开发了基于众包的天然产物数据库及知识发现系统.该系统利用众包技术构建一个天然产物数据库，使用分子指纹对分子结构进行编码，并采用Tanimoto系数计算相似度实现天然产物和相关文献的检索，可以实时扩充，并为生物学家了解当前研究热点，确定进一步研究方向提供参考.

English Abstract

参考文献 (15) 相关文章 (4)

目录

/

返回文章

网站版权 © 轻工学报编辑部

地址：河南省郑州市科学大道136号邮编：450001

本系统由北京仁和汇智信息技术有限公司开发 技术支持： info@rhhz.net