【目的】 筛选产果胶酶菌株,挖掘烟草果胶降解关键酶基因。【方法】 采用3,5-二硝基水杨酸比色(DNS)法,以烟草果胶为唯一碳源筛选烟草果胶降解菌株,利用转录组技术分析烟草果胶降解过程中相关酶的差异表达,通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术验证并确定烟草果胶降解关键酶基因。【结果】 筛选得到一株烟草果胶降解菌株GB3,在发酵液降解烟草果胶中酶活力值为32.95 U/mL,通过形态学和16S rDNA序列分析,初步鉴定为变栖克雷伯杆菌(Klebsiella variicola);GB3在降解普通果胶过程中有1076个基因上调,而降解烟草果胶过程中有1100个基因上调;与烟草果胶降解相关差异表达基因主要富集于半乳糖代谢、糖酵解/糖异生和其他聚糖降解途径,共筛选到9个可能与烟草果胶降解相关的酶基因,经RT-qPCR分析,rlpA、lacZ、ogl、rhaA和P48843为烟草果胶降解关键酶基因。【结论】 验证了烟草果胶降解关键酶基因为gene1209,gene1526,gene2083,gene310和gene4941,为研究果胶酶基因,降低烟叶果胶含量,提升烟叶品质提供参考。